Audyt wewnętrzny może kontrolować: finanse jednostki, jej działalność operacyjną, system informatyczny (albo tylko oprogramowanie), z jakiego korzysta, oraz jakość działania firmy. Na tej ostatniej kwestii audytor skupia zwłaszcza wtedy, gdy przedsiębiorstwo sprawdza swój system zarządzania jakością, żeby wystąpić o certyfikat, który zwiększy prestiż firmy i poprawi jej wizerunek na rynku, w oczach potencjalnych klientów.
Audyt wewnętrzny skupia się na obszarach, w których mogą wystąpić (i zazwyczaj występują) największe zagrożenia dla przedsiębiorstwa. Audytor ocenia efektywność procesów radzenia sobie z ryzykiem.
Przed wyborem audytora finansowego spółka powinna skorzystać z usług firmy prowadzącej doradztwo finansowe. To pozwoli uzyskać rozeznanie na rynku kontrolerów jakości, personelu, ekologii, finansów, systemu (w tym oprogramowani), zarządzania ryzykiem.
Audyt operacyjny pozwoli ustalić, czy działania kontrolowanej jednostki są oszczędne, wydajne i skuteczne. Wstępny audyt operacyjny może przeprowadzić komórka kontroli wewnętrznej, jeśli takowa istnieje w organizacji.
Audytor sprawdzi, czy firma jest zarządzana efektywnie - czy kierownictwo planuje operacje swoje i kierowanej przez siebie spółki i czy kontroluje wykonywanie tych ustaleń; jak to robi. Audyt operacyjny jest więc oceną kadry kierowniczej, najważniejszych osób w przedsiębiorstwie.